1895년 봄부터 새롭게 전주선교부를 운영하며 1897년 7월, 역사적인 첫 세례식이 거행되고, 1898년 11월, 마티 잉골드 선교사에 의해 의료선교가 본격적으로 시작한다.

1899년 전북 관찰사인 이완용과의 협상을 통해 완산에서 화산의 서원고개 일대로 전주선교부가 이전한다.